Lista zastrzeżeń do reguł Budżetu Obywatelskiego i praktyk, pojawiających się przy jego kolejnych edycjach w Nowym Sączu jest bardzo długa. Jako przykład można wyróżnić projekt „Krzysztof Ziaja z mieszkańcami osiedla Kochanowskiego” wybrany do realizacji. Problem w tym, że Krzysztof Ziaja jest radnym, a nawet wiceprzewodniczącym rady miasta. Stąd zarzut wykorzystywania środków publicznych do promocji własnej osoby.

Wątpliwości budzi też fakt, że przetargi na realizację części projektów od lat wygrywają te same firmy oraz to, że niektóre projekty wybrane w głosowaniu mocno się opóźniają albo z różnych powodów nie są realizowane.

Część sądeckich radnych i miejscy aktywiści od lat występowali o ograniczenie nadużyć. Nadzieję budzi nowy regulamin Budżetu Obywatelskiego. Prace nad nim dobiegają końca, a jego projekt ma trafić pod głosowanie na najbliższej sesji rady miasta.