Budowa jest finansowana ze środków unijnych oraz budżetu województwa małopolskiego.Z powodu wzrostu cen materiałów budowlanych koszt budowy wzrósł ze 170 do 200 milionów złotych. Całość inwestycji, z uwzględnieniem między innymi wykupu gruntów i wyposażenia ekspozycji i laboratoriów, wyniesie około 270 milionów złotych.