Muzealne wystawy znajdują się nie tylko w dwóch różnych światach, ale też w dwóch zabytkach w Wieliczce obecnych na Liście Światowego Dziedzictwa UNESCO, w Kopalni Soli i Zamku Żupnym.
Od 70 lat w Muzeum prowadzona jest działalność naukowo-badawcza, wystawiennicza, edukacyjna i wydawnicza. W ostatnim okresie dużą wagę przywiązuje się do współpracy międzynarodowej - pracownicy uczestniczą w projektach i konferencjach zagranicznych. Muzeum organizuje także cykliczną Międzynarodową Konferencję Muzeów Górniczych i Skansenów Podziemnych. Zwraca też uwagę na potrzeby osób z różnymi niepełnosprawnościami oraz osób z grup wykluczonych, do których od lat kierowana jest oferta zajęć z cyklu „Muzeoterapia”. Wszystkie te działania służą promocji historii solnictwa w Polsce i na świecie.
Twórcą Muzeum jest Alfons Długosz – pedagog, wizjoner, społecznik, fotografik i artysta. Przeświadczony o wartości niedocenianych, dawnych maszyn i urządzeń, znajdujących się w zagrożonych zniszczeniem, opuszczonych wyrobiskach, rozpoczął ich poszukiwanie i gromadzenie. Wraz z górnikiem Franciszkiem Krzeczkowskim przeszedł dziesiątki kilometrów od dawna nieużywanych i niebezpiecznych wyrobisk. Jego wytrwałości i niezwykłej pasji zawdzięczamy ocalenie bezcennych zabytków kultury materialnej górnictwa, przede wszystkim unikatowej w skali świata kolekcji dawnych, drewnianych maszyn wyciągowych. Z czasem zbiory rozrosły się tak bardzo, że A. Długosz postanowił zorganizować muzeum. Zyskał przychylność Ministerstwa Kultury i Sztuki, które wsparło projekt środkami finansowymi oraz dyrekcji kopalni, która przeznaczyła na ten cel zespół komór Russegger i Maria Teresa na głębokości 135 m. W 1956 r. Muzeum stało się oddziałem Państwowych Zbiorów Sztuki na Wawelu, a już od 1961 r. działało jako samodzielna instytucja podlegająca Ministerstwu Kultury i Sztuki. Alfons Długosz został pierwszym dyrektorem Muzeum i funkcję tę pełnił do 1975 r.
Zgromadzone przez niego zbiory, prowadzone badania oraz powstałe opracowania posłużyły do wpisania Kopalni Soli w Wieliczce na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO w 1978 roku – już po śmierci twórcy Muzeum.
W swej wizji muzeum Długosz wybiegł w przyszłość o całe dziesięciolecia zapewniając instytucji podziemne kino, punkt pocztowy i kawiarenkę. W sali kinowej, oprócz projekcji filmów, odbywały się konferencje np. PAN-u, tu także miało miejsce uroczyste otwarcie muzeum. Aby ułatwić zwiedzającym zrozumienie skomplikowanych zagadnień technicznych zilustrował działanie urządzeń tworząc oryginalny komentarz do zabytkowych obiektów. Obrazy stanowią ujednolicony cykl i do dziś pełnią swoją funkcję.
Oficjalne otwarcie ekspozycji Muzeum w Kopalni Soli miało miejsce 30 września 1966 r. i było włączone w uroczyste obchody Jubileuszu 1000-lecia Państwa Polskiego. Warto zaznaczyć, że Muzeum było już wcześniej częściowo dostępne do zwiedzania.
Muzeum założone przez Alfonsa Długosza obejmowało ekspozycję w kopalni soli. Kolejni dyrektorzy: Roman Kędra (1975-1990) i Antoni Jodłowski (1990-2015) skupili się na remoncie Zamku Żupnego, siedziby zarządu administracji przedsiębiorstwa od k. XIII w do 1945 r. Jako pierwszy udostępniono Zamek Środkowy w 1985 r. przeznaczając go na wystawy i magazyny zbiorów, następnie Zamek Północny w 1992 r., który mieścił siedzibę administracyjną Muzeum, pracownie naukowe, bibliotekę i archiwum, a w 1996 budynek południowy, w którym urządzono pracownie, salę wystawienniczo-edukacyjną, magazyny oraz restaurację.
Od 2013 roku Zamek Żupny w Wieliczce znajduje się na Liście UNESCO. Stało się tak dlatego, że przez wieki był integralną częścią solnego przedsiębiorstwa, podobnie jak Kopalnia Soli w Bochni. Wspólny wpis z Kopalnią Soli w Wieliczce brzmi Królewskie kopalnie soli w Wieliczce i Bochni.
XXI wiek to czas zmian aranżacji wystaw w Muzeum w kopalni soli. Ważnym wydarzeniem w 2013 r. było włączenie do ekspozycji dwóch komór Aleksandrowice, po zabezpieczeniu i remoncie przeprowadzonym dzięki środkom unijnym. W jednej znajduje się wystawa prezentująca tradycje górnicze, a w drugiej kaplica św. Jana Pawła II.
Przełomowym momentem w historii Muzeum był rok 2017, kiedy dyrektor Jan Godłowski (funkcję pełni od 2016 r.) podjął decyzję o rozszerzeniu przestrzeni ekspozycyjnej zamku. W tym celu zakupiony został budynek przy ulicy Daniłowicza 12 i przeniesiono tam administrację, pracownie naukowe, bibliotekę i archiwum.
W 2021 roku w zwolnionych salach w Zamku Północnym rozpoczął się remont, po jego zakończeniu zostanie w nim zorganizowana ekspozycja stała pt. Solny klejnot w koronie. Będzie tu też miejsce dla dużych wystaw czasowych. Co istotne - obiekt po nowej aranżacji i modernizacji stanie się miejscem przyjaznym także dla osób z niepełnosprawnościami, którym służyć będą dwie windy i ułatwienia na ekspozycjach. Komfort zwiedzania zapewni podziemne przejście i nowy węzeł sanitarny.
Prace remontowe prowadzone są także w obecnym budynku administracyjnym przy ulicy
Daniłowicza. Szeroko zakrojony plan modernizacyjny przewiduje dobudowanie dodatkowego segmentu z przeznaczeniem na muzealne pracownie, bibliotekę i sklep.
Wszystkie prace prowadzone są dzięki środkom pozyskanym z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Pomimo remontu zamek jest cały czas otwarty dla zwiedzających. Obecnie wejście do kasy i nowego sklepu znajduje się od strony Ogrodu Żupnego.
Ekspozycje wielickiego Muzeum
Muzeum Żup Krakowskich Wieliczka posiada ekspozycje w Zamku Żupnym i w Kopalni Soli w Wieliczce na głębokości 135 m.
Zespół Zamku Żupnego obejmuje: Zamek Środkowy (XIII-XIV w.), Zamek Północny (XIV w.), budynek południowy (XIX w.), basztę z czasów króla Kazimierza Wielkiego (XIV w.), mury obronne najstarszego zamku (k. XIII w.), pozostałości najstarszej w Polsce stołówki pracowniczej (XV w.) i najstarszy w Wieliczce, poszukiwawczy szyb górniczy (poł. XIII w.).
W Zamku Środkowym dostępne są ekspozycje stałe: Pradzieje Wieliczki i okolic, Solniczki - małe arcydzieła sztuki, Sala Gotycka z portretami dawnych zarządców kopalni oraz wystawy czasowe.
Do ważnych zbiorów Muzeum należy kolekcja solniczek, która jest zaliczana do najcenniejszych na świecie. W przeszłości naczynia na sól świadczyły o statusie oraz zamożności właściciela
i wyznaczały miejsce przy stole dla najważniejszej osoby na uczcie.
Wielicka kolekcja obecnie liczy ponad 1000 obiektów, najstarsza solniczka jest z końca XV wieku. Dzieła późnogotyckie, renesansowe, barokowe, klasycystyczne, secesyjne przyciągają uwagę bogactwem i różnorodnością zastosowanych form, technik i materiałów. Najpiękniejsze i najcenniejsze obiekty prezentowane są na wystawie Solniczki – małe arcydzieła sztuki.
Ekspozycja podziemna – Trasa Muzealna znajduje się w Kopalni Soli na głębokości 135 m. Obejmuje 19 komór, ok. 2000 zabytków i mierzy 1,5 km długości.
Prezentuje historię soli od czasów jej powstania (13,5 mln lat temu), przez prehistoryczne metody jej pozyskiwania (4,5 tys. lat p.n.e.), odkrycie soli kamiennej (II poł. XIII w.) i rozwój kopalni oraz jej znaczenie dla państwa po techniki górnicze, narzędzia, maszyny, środki transportu i tradycje górnicze.
Szczególnie cenna jest unikatowa w skali świata kolekcja trzech typów kieratów - maszyn do transportu soli i róg Bractwa Kopaczy (z 1534 roku) symbolizujący bogactwo wielickiej kopalni oraz
neolityczne naczynia do produkcji soli (ok. 4,5 tys. lat p.n.e.). Znajdują się tu też dwa wyjątkowej urody rezerwaty górnicze – komory Maria Teresa i Saurau z zachowanymi śladami prac górniczych.
Ponadto w Muzeum jest dostępna kaplica św. Jana Pawła II, komora widowiskowa im. Alfonsa Długosza, sala edukacyjna i magazyny zbiorów.
Trasę Muzealną zwiedza się w ramach biletu do Kopalni Soli w Wieliczce.
Muzeum podlega Ministerstwu Kultury, Dziedzictwa Narodowego i Sportu.