Muzeum przypomina, że prawdziwy Lajkonik - Konik Zwierzyniecki - pojawia się na ulicach Krakowa raz w roku, tydzień po Bożym Ciele. Wraz z orszakiem przemierza wówczas trasę ze Zwierzyńca do Rynku Głównego.
Najstarsza wzmianka o pochodzie Lajkonika w Krakowie pochodzi z 1738 roku, choć prawdopodobnie zwyczaj "chodzenia z konikiem" był w Galicji znacznie starszy. W organizację harców Lajkonika początkowo zaangażowani byli flisacy wiślańscy, zwani włóczkami. Po III rozbiorze Polski bractwo włóczków przestało istnieć, ale nadal organizowano pochody Lajkonika. Zwyczaj ten przetrwał w XIX wieku dzięki krakowskiej rodzinie Micińskich.
W drugiej połowie XIX wieku pochód finansowało miasto, a na przełomie XIX i XX wieku opiekę nad Lajkonikiem roztoczyło Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. W 1904 r. strój dla Lajkonika zaprojektował Stanisław Wyspiański. Członkowie orszaku od 1997 r. chodzą w strojach zaprojektowanych przez Krystynę Zachwatowicz.
Pochód nie odbywał się w 1915 r. oraz w czasie II wojny światowej. Odrodził się w 1947 r.
Harce Lajkonika, zwanego także Konikiem Zwierzynieckim, wiązane są z legendą mówiącą, że podczas oblężenia Krakowa przez Tatarów w 1287 r. włóczkowie dzielnie wspomagali obrońców miasta, a nawet zabili samego chana tatarskiego i doprowadzili do odstąpienia najeźdźców. Najdzielniejszy z włóczków, przebrany w zdobyczny strój zabitego Tatara, triumfalnie wkroczył do miasta, owacyjnie witany przez mieszkańców.